Perpustakaan UGM berdiri tanggal 1 Maret 1951 di Jl. Panembahan Senopati (sekarang Hotel Limaran) Yogyakarta ketika kampus UGM berada di lingkungan Kraton. Pada tanggal 19 Desember 1959 Perpustakaan UGM pindah ke Sekip Unit V eks gedung Konferensi Kolombo, sekarang Perpustakaan UGM Unit II dengan luas bangunan 4.461 m2, tanggal 31 Juli 1975 Perpustakaan UGM memperoleh tambahan gedung di Bulaksumur yang sekarang Perpustakaan UGM Unit I (Sebelah selatan Gedung Pusat UGM) dengan luas bangunan 2.883 m2. Berdasarkan Surat Keputusan Rektor UGM nomor : 200/P/SK/HT/2008 tanggal 9 Mei 2008, Perpustakaan Sekolah Pascasarjana UGM disatukan pengelolaannya dengan denga Perpustakan Universitas sekarang menjadi Perpustakaan UGM Unit III dengan luas 1.782 m2.

Mulai 1 April 2012 semua unit di perpustakaan UGM telah menempati satu lokasi yaitu di Bulaksumur 16 Yogyakarta. Dengan adanya penambahan 2 gedung baru diharapkan Perpustakaan UGM dapat lebih maksimal dalam melayani penggunanya.

Dalam 50 tahun telah mengalami beberapa kali pergantian pimpinan antara lain:

1. Woerjarto: Periode 1951-1955
2. Moerjopranoto: Periode 1955-1967
3. Soedjatmiko: Periode 1967-1975
4. Dra. Sawitri-Suharto, M.A.: Periode 1975-1985
5. Soedjatmiko: Periode 1985-1986
6. Dra. Murianti, M.L.S.: Periode 1986-1997
7. Dr. drh. Slamet Soebagyo: Periode 1998 - 2002
8. Drs. Ida Fajar Priyanto, M.A.: Periode 2002 - 2012
9. Dra. Budi Ngestiningsih: Periode 2012 - 2013
10. Dra. Nawang Purwanti, M.Lib: Periode 2013 - sekarang